拿破仑既已解决了奄奄一息的骑士团，便力图按革命原则改组马耳他人的生活。当地贵族全被废黝，校章皆遭销毁，骑士团机构中的珍品和物资也被悉数搬走，价值约达二十五万英镑之巨。法国人接着便着手限制教会在马耳他的势力，甚至直接危及罗马天主教在马耳他社会中的地位。外国神职人员奉命离境；每个教团只准设一个修道院，多余机构都必须关闭。任何人未满三十岁不得宣誓担任圣职；现有教士全部就职前，不得增设新的神职人员。这些措施，以及其他一些反宗教的条令在政治上极为愚蠢，因为教会正是能够煽起全国性骚乱反抗法国的唯一有影响的组织。

但问题还不止此。法国当局缺乏稳固的财政基础，它的施政方针不过是对所征服的国家肆行劫掠。骑士团的财富大部都已运走，以应他处法军军需；马耳他当局不久即因经费支细而采取某些权宜之计，这就必然引起更大的骚动。法国人拒不偿付骑士团在列岛的债务，致使货主们在货物早已付出后也无法收回货款。骑士团过去对忠诚的雇员均给以年金，在此问题上一直比较慷慨，而法国人对此却概不承认。官办当铺奉命提高利率，苛捐杂税层出不穷，当局更任意提高国有上，地的租金。列岛已因法国侵略而遭到破坏，贸易与就业皆陷于混乱状态，这些新的措施只能使它更处于水深火热之中。教会和贵族已饱受凌辱，再加上贫困，于是列岛出现了一触即发的爆炸性局势。

拿破仑只在马耳他停留六天，接着便率领远征军急急向埃及进发。一支四千左右的军队在沃布瓦将军统率下留守列岛。起初一切顺利，安然无事。当岛上居民通过法国人所采取的种种措施而逐渐察知其居心时，他们对新统治者便产生了强烈反感。1798年8月24日，马耳他人得悉法国舰队已在阿布基尔湾被英国皇家海军击溃，马耳他的法军处境非常危险。留守马耳他的法国人如果竭力施行仁政笼络人心，他们在遭受军事挫折时或许还有可能体免于难。但是，他们却一如既往掠夺当地教会。9月2日(星期日)法国人又准备洗劫英迪纳的教堂，马耳他人决定结束这种屈辱，城里为数很少的驻军全遭到杀戮。几个小时之内，全岛居民就起来反抗法国人。种种迹象表明，早在9月2日前的一段时间里，马耳他人就一直在蓄谋暴动。他们极其迅速地按军事编制组织起来，随即迅速出动，使法国人确信这次起义不是完全自发。

沃布瓦将军不久就放弃了重新控制农村的一切尝试。他率部牢牢地据守大港周围的设防地区，深信装备低劣的非正规兵力决不可能把他们从那里逐出。