13世纪后半叶，牛津大学开始走上正轨，有了有特权、有自信心的学者团体，包括1，540名学生和教授。学业分四科，即文艺、法律、医科及神学。学位也由校长统一颂授。为了取得硕士学位，学生必须用大约六年时间先修习文法、修辞及逻辑三科，获得文艺学士学位，尔后攻读算术、几何、夭文、音乐四科，取得文艺硕士学位。要取得法学、医学、哲学和神学博士学位，还要继续学习六年甚至八年，因而大多数学生都念不完。

13世纪大学中最著名的学者有托马斯·阿奎那斯(1227—1274)、罗杰·培根(1214—1294)和约翰，邓斯·司各脱(1274—1308)等。阿奎那斯是经院哲学的最后代表，他所写的《神学大全》一书调和了理性与宗教信仰之间的矛盾，并将带有唯物主义倾向的古希腊哲学同基督教神学综合起来。其神学体系既是罗马教会神学发展的顶峰，又是其走向没落的开端。罗杰·培根是新兴起的城市工商业市民追求思想解放和研穷自然科学发展的代表。从他身上，已开始明显表现出新世界观守发展趋势。他绝对否定权威，把权威比作束缚人们认识的一根药索，同时公开提出面向自然，注重实验，依靠经验。他的《艺术和睦然的秘密》一书充满了科学的想象，预言了未来世界的事物如望泛镜、潜水艇和飞行器。培根的科学研究被教会视为洪水猛兽，惊呼他“要把魔鬼释放出来”，因而将他两次投进修道院监狱，囚禁达24年之久。

司各脱是继罗杰·培根之后唯名论哲学的主要代表，先后在牛津和巴黎大学任教授之职。他猛烈抨击阿奎那斯倡言的理性与宗教信仰的调和，认为理性不能证明天主的存在，思维能力也不可能了解天主的性质，而主张理性与宗教信仰分离。他的学说“迫使神学本身来宣扬唯物主义”(马克思语)，从而为近代科学与唯物论的发展作了准备。